El conjunto del museo incluye tres edificios: "La Casa de las Veletas", "La Casa de los Caballos" y un pequeño pabellón para Taller de Restauración adjunto a esta última. El proyecto inicial contemplaba la rehabilitación de la "Casa de los Caballos", un edificio exento del siglo XVII que se ordena verticalmente con tres niveles básicos, más un pequeño sótano y un bajo cubierta para almacenes. La planta de acceso (nivel intermedio) se destina a Sala de Exposiciones Temporales, con el fin de posibilitar un horario de visitas independiente al de la colección permanente, situada en los niveles superior e inferior. Una doble escalera comunica el conjunto y permite una combinación de múltiples recorridos, facilitando el aislamiento mediante un sistema de barandillas desmontables, de la planta de acceso. A través de los elementos arquitectónicos, lumínicos y materiales diferentes se pretende marcar la diferenciación de los contenidos por plantas.