Cronologías (inicial;final): 1872 1872 1979

Interiormente se organiza en torno a un patio trapezoidal en fábrica de ladrillo encalado de blanco.

La fachada se organiza con dos cuerpos laterales de tres alturas y otro central de dos coronado con una balaustrada. En el cuerpo lateral derecho se desarrollan una serie de elementos en piedra en lenguaje neoclásico, encontrándose en uno de sus huecos una hornacina con la efigie del santo. El resto de la fachada es de obra mixta de ladrillo y mampostería.

La reciente inauguración de la segunda fase de las obras del Centro San Rafael de la Orden de San Juan de Dios cierra un complejo proyecto de prolongada construcción. Una primera fase, hospitalaria, fue realizada entre 1979 y 1983, quedando sin embargo por entonces minimizado su impacto urbano visual al ocupar lo construido el fondo de la parcela, con escaso contacto con la calle San Juan de Dios, cuya línea permanecía ocupada por los anteriores edificios de la Orden. La segunda fase, ejecutada entre agosto de 1994 y febrero de 1996, ha implicado, por el contrario la demolición de toda la línea de edificios en contacto con la calle principal y su sustitución por una nueva obra en la que se plantean ya con mayor evidencia los problemas de relación con el entorno urbano y con la propia historia de la ciudad, de la que tan íntimamente forman parte los religiosos de San Juan de Dios.

La combinación de ambas fases ha dado lugar a un conjunto de edificios (unos 17.000 m2 construidos sobre un solar de aproximadamente 5.000) en el que la aparente unidad de cara a la ciudad encierra, sin embargo, una amplia diversidad de funciones: hospital de medicina geriátrica (ya en marcha desde la primera fase y ahora ampliado y completado), centro asistencial geriátrico diurno, colegio de educación especial, comedor social, centro de orientación médico-asistencial y locales pastorales y complementarios de la Sacristía de la Basílica de San Juan de Dios. Esta última es una importante obra del barroco tardío granadino (edificada entre 1737 y 1759 Y recientemente restaurada su fachada) y la nueva obra del Centro San Rafael determina que el costado de la misma cierre uno de los lados del conjunto y aparezca ahora visible desde la ciudad. En este sentido, el Centro asume de manera lograda la relación con la misma, planteando un tipo de arquitectura en la que la evocación de la Granada histórica es indirecta, sin caer en el pastiche y con una monumentalidad moderna en cual resultan, por ejemplo, evidentes los ecos de Kahn.

Urbanísticamente, el conjunto supone la terminación del frente de la manzana en la que se encuentra la Basílica, situando simétricamente a la misma los dos hospitales de la Orden. Ante estas fuertes vinculaciones históricas, el edificio expresa su carácter de arquitectura de uso público y se proyecta intentando exponer en su forma y características (alturas de los bloques, separación entre edificios, claustro, jardines, fachadas, tejados) el momento temporal de su construcción.

El complejo, cuya altura mayor es de cuatro plantas, consta de tres núcleos básicos unidos entre sí por el zócalo que constituyen el semisótano y la planta baja (además de dos sótanos en los que se alojan, respectivamente, en el segundo sótano instalaciones, almacenes y -un aljibe, y en el primer sótano, además de los servicios básicos de intendencia del hospital y la morgue, el Centro geriátrico diurno, la sala de usos múltiples, un gimnasio infantil y un local para el Belén monumental, de gran tradición granadina). El semisótano (aunque casi todo él sobre rasante por el fuerte desnivel) aloja el colegio de educación especial y el comedor social, con sus locales de servicio correspondientes. La planta baja incluye el vestíbulo principal de acceso (con crujía cíe fachada que permite el acceso simultáneo de varias ambulancias), la zona de recepción, el área de dirección y administración, los servicios centrales del hospital y las consultas médicas. Parte esencial de esta planta baja es la proyección de un porche cubierto entre la calle y el jardín, que conecta físicamente el nuevo edificio y la basílica y hace función de diafragma entre la ciudad y el "claustro" principal. Las tres plantas siguientes albergan las habitaciones del hospital (un total de 182 camas), dividiendo cada planta los cuerpos de escalera en tres zonas dotadas de amplia independencia asistencias. En la planta primera se abre el acceso a la terraza-jardín, en tanto que las dos alas interiores de la tercera se destinan a residencia de los religiosos. La cuarta planta contiene, por último, una hospedería. Bajo la cubierta se ha proyectado una planta (abierta mediante celosía corrida) para la maquinaria de climatización y ascensores, con lo que se logra evitar los habituales inconvenientes de este tipo de instalaciones. Desde el punto de vista distributivo, el edificio se organiza a la manera de los edificios conventuales en torno a un auténtico claustro que aporta la necesaria unidad a distintas piezas que albergan funciones muy diferentes y tienden a la independencia funcional. Una de las exigencias compositivas asumidas por los arquitectos es la puesta en valor de todo el costado de la Basílica de San Juan de Dios, haciéndose posible su contemplación desde diversos puntos de vista, tanto desde el interior de la obra como desde la vía pública. Otra exigencia específica era resolver el problema de la conexión de las distintas zonas del conjunto por parte de personas en gran parte aquejadas de movilidad reducida, por lo que se ha cuidado de manera especial la supresión de barreras arquitectónicas e incluyéndose como parte esencial del proyecto una gran rampa que une los espacios desde el primer sótano hasta la segunda planta, resolviendo la dificultad de conectar plantas de distintas alturas en un espacio muy reducido. La cubierta de la planta baja, de gran extensión, sirve de jardín elevado con grandes posibilidades de aprovechamiento tanto terapéutico como de contemplación de la Basílica.

Unido a la basílica de San Juan de Dios se encuentra el Asilo y Hospital de San Rafael, establecidos por el arzobispo Don Bienvenido Monzón en 1872, en que donó a los hermanos hospitalarios una casa de acogida de niños huérfanos. Se amplió en 1944 con un pequeño hospital infantil según obra del arquitecto Fernando Wilhelmi.