Los trabajos de la Ciudad Universitaria de Madrid se llevaron a cabo desde un pequeño pabellón, primeramente situado en donde hoy se encuentra el Hospital Clínico y posteriormente trasladado a su ubicación actual en la zona de La Moncloa. Manteniendo la dirección del Arquitecto López Otero se buscó dar continuidad a un proyecto que sobrevivió a diferentes regímenes políticos, cuyas huellas aún imprimen el conjunto. La Guerra Civil ocasionó importantes daños, algunos de los cuales supusieron pérdidas irreparables, como los murales de uno de los mayores exponentes de la pintura al fresco de la época, Luis Quintanilla, que revestían el vestíbulo principal. A finales de los años 50, el Pabellón de la Junta acoge los servicios administrativos centrales de la Universidad, pasando a convertirse en Pabellón de Gobierno.